cytoscape软件,cytoscape软件的主要功能

cytoscape绘制网络图，导入数据的要求有哪些

cytoscape可以处理多种格式的文本文件。你把你的数据转成这些文件，然后就可以在cytoscape里打开了。

最简单的是.sif格式（sif格式），格式是：

nodeA nodeB

nodeC nodeD

…

就是说文件分三列，第一列和第三列是相互作用的基因名，第二列是相互作用的名称。.sif格式的好处是简单，容易处理。不过它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。

另一种是xgmml格式，它是一种xml格式，可以规定节点和边的许多信息，但也更复杂。我在网上查了很久都没有查到xgmml格式的详细信息，没办法只好随便画个网络，让cytoscape导出成xgmml，然后一行一行看，花了一晚上搞明白了。于是写了几个python小函数来专门写这种格式。代码附在最后。

然后要画网络的时候写小脚本就行了：（假设这几个小函数的文件名叫xgmml.py）

from xgmml import *

fid = open(‘test.xml’, ‘w’)

addHead(fid, ‘hehe’)

addNode(fid, ‘A’, ‘A’)

addNode(fid, ‘B’, ‘B’)

addEdge(fid, ‘A’, ‘B’, ‘A to B’)

fid.write(‘\n’)

fid.close()

代码应该很好理解吧？导入包，打开文件，用addHead写文件头，addNode加结点，addEdge加边，补一句文件结尾，然后关闭文件。

最后把test.xml在cytoscape里打开就行啦

如何用java操控cytoscape

将STRING的作图导入cytoscape,可以先下载Text Summary (TXT – simple tab delimited flatfile)文件,column1、column2分别设置为sourceinteraction和target interaction,interaction type使用default interaction即可.

如何用cytoscape做go富集

1 如果肯下功夫,可以通过R语言获得基因本体论以及通路富集数据并将其可视化,所用的R包可以是GOSim(GO分析),或者clusterprofiler(GOKEGG)2 cytoscape 的插件cluego可以傻瓜式实现通路的图片展示,可以用来直接发文章(低分的至少可以)3 关于GO和KEGG数据的获得,上DAVID就好

cytoscape.js 和d3.js哪个好用

这两个都没用过,我一般都是用finebi来分析我的数据,最后在Dashboard里面查看可视化的图表结果,而且可以很方便地切换维度,联动钻取等

如何利用cytoscape计算网络分析

其实很简单,Edge是在导入network时中间一列有个 interaction type,这个就是edge 想让两个节点之间的Edge是啥种类型就定义个变量,比如1,然后在style里面将所有的1改成你想要的 edge不可能单独导入的,edge不是单独存在的

为什么点Cytoscape3 – 7 – 1 – windows – 64bit.exe闪退?

首先你这个程序是64位系统的程序.你在我的电脑或计算机上,右键属性看一下你的计算机是多少位系统.

cytoscape 3.5.1安装失败

朋友可以在安全模式下用360安全卫士来清理注册表来试试.

如何在cytoscape根据邻接矩阵画图

额

cytoscape怎么建立三元

下载Text Summary (TXT – simple tab delimited flatfile)文件,column1、column2分别设置为sourceinteraction和target interaction,interaction type使用default interaction即可.